“天下没有不可讨论的利益。”这是2011年5月，阿里巴巴集团主席兼首席执行官马云在香港首度开腔谈及支付宝重组说过的一句话。
彼时，谈判刚开始，但随着时间的推移这句话得到了验证。7月29日，美国雅虎向SEC提交文件，为支付宝重组结案，回报是在支付宝实现IPO后将一次性获得8.6亿-25.8亿美元的现金赔偿，另一位股东软银获得6.6亿-19.8亿赔偿。
协议公布后，阿里巴巴马云、雅虎首席执行官CarolBartz、软银孙正义对此协议都给出了满意的评价。一纸协议，彻底断绝了支付宝与雅虎、软银之间的关联，而这张需时兑现的支票却并未打消投资者的疑虑。
疑虑1非淘宝业务如何变现？
按照协议，这次赔偿将分两个阶段实现，第一是支付宝在上市前，支付宝及其子公司将税前利润的49.9%，作为“知识产权许可费用和软件技术服务费”支付给阿里巴巴集团；其次是在上市后予以阿里巴巴集团一次性的现金回报，金额为支付宝在上市时总市值的37.5%(以IPO价为准)，回报额将不低于20亿美元且不超过60亿美元。
雅虎首席财务官TimMorse并未详细解释该交易回报额的估值方法，仅表示“是基于很多不同的复杂因素作出的”。而更早之前，TimMorse在出席雅虎2011年度投资者大会时曾经表示，与阿里巴巴谈判的焦点在于“支付宝在非淘宝业务板块未来潜在的价值增量”，补偿是针对"非淘宝业务"现在及未来的价值来评估。目前的情况是，协议之后支付宝正式脱离阿里巴巴集团，淘宝仍是阿里巴巴集团的子公司，并且是支付宝最大的客户。
在支付宝的“淘宝业务”中，阿里巴巴集团首席财务官蔡崇信透露，目前支付宝从在淘宝上交易的商家身上收费，成本由淘宝支付给支付宝，以保证支付宝提供服务。而根据协议，支付宝已承诺将以“优惠条件”继续为阿里巴巴集团及其包括淘宝在内的子公司提供优良的支付服务，双方协议期限是50年，此后自动续延50年。显然，“非淘宝业务”才是眼下对于雅虎有意义的收益。公开资料显示，以交易额计算，淘宝约占支付宝总量的50%。而2010年支付宝刚刚实现盈亏平衡，仅略有盈利，其中2010年支付宝在淘宝以外的第三方业务收入不到6000万美元。
互联网分析师谢文认为，从协议来看目前支付宝与阿里巴巴仍处于“紧密性合作伙伴”的关系。“在与淘宝有间接竞争关系的电商看来，支付宝没有被看作真正意义上独立的第三方支付平台。”
易观国际分析师张萌则认为，支付宝拥有很大的用户量，对中小电商平台仍有“用户流量”的优势，有一定发展空间。“不过，目前第三方支付行业的收入主要来源于线上交易的手续费，收费比例约在千分之三至五，利润被压得很低。而线下业务的发展如手机支付、POS机收单，仍需要3-4年的时间，企业利润短时间内不会有爆发性的增长。”
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