首先，对电子商务认识不足的问题
许多中小企业管理基础落后，领导信息化意识不强，也没有充分认识到知识经济时代抢占信息市场的重要性。或者对如何开展电子商务理解比较片面，如认为电子商务就是上网，或简单地建一个网站，而相关的管理基础却没有跟上，企业的电子商务仅停留在表面的网站建设上。因此中小企业不但在观念上要重视电子商务，而且要了解电子商务的实质，不宜盲目跟风。
此外，电子商务不单是一个企业的事情。中小企业供应链的管理能力欠缺，如何和供应链的核心企业合作，借助其平台或第三方共享交易平台开展业务也是中小企业开展电子商务的重要话题。
其次，设施落后的问题
中小企业使用互联网和参与电子商务的程度参差不齐。据统计，目前参与电子商务的企业仅为22.3%，在众多的行业用户中，汽车行业、电子行业和贸易行业等信息化建设水平较高。但在这些领先的行业，电子商务的应用也极不平衡，很多网站都不成熟，如网站建设目的不明确，不知道目标用户是谁，不能反映出企业的形象，网站功能简陋，用户找不到自己需要的信息，用户的咨询也常常得不到回复等。有些企业虽然建立了网站，但过于关注于传统业务，网站利用率极低，甚至成为一个空壳。
由于资源有限，许多中小企业需要把主要精力集中放在业务上，难以投入足够的资源进行信息化建设。但中小企业普遍对采购、生产、库存、销售、财务和人事等方面的应用有一定需求，应用服务提供商模式ASP就成为中小型企业开展电子商务的选择。就目前 ASP的发展情况而言，由于观念、安全等方面的因素影响，ASP在国内的发展并不让人满意。
再次，执行不力的问题
由于中小型企业管理者还未充分认识到电子商务给企业发展，营销手段带来的革命性变化，因此对人才的培养没有足够的重视，导致电子商务人才的匮乏。中小型企业开展电子商务既要技术又要人才，但这方面的人才在大企业也不是很充裕。专业人员的不足，电子商务模式缺乏创新，导致中小型企业缺乏网络经营的经验，电子商务的优越性表现不出来，许多中小型企业涉足电子商务心有余力不足。
资金短缺是中小企业的普遍困难。在有限资金的合理使用方面，许多中小企业尚处于摸索阶段。很多中小企业对硬件的投资占到整个信息化投资80％以上，而配套软件和IT服务等方面投入相对滞后，对软件的选型不恰当，咨询合作伙伴协调不力，最终会使企业的投资回报率低，难以获得持久的发展动力。
第四、缺乏规划的问题
中小型企业开展电子商务往往缺乏长远规划，比较注意短期效益。电子商务涉及业务转型，不同企业发展电子商务的方式也是不同的。从利用互联网浏览、收集、发布信息，到建立企业网站，建立信息平台，实施网上采购，再到建立行业联合采购平台，完善自己的供应链管理系统等，中小型企业电子商务的实施要逐步到位，长远规划，分步实施。
电子商务在我国的发展时间不长短，中小企业对实施电子商务发展战略方面还缺乏深刻的认识，但是，“机不可失，时不我待”，在不以我们的意志为转移的、势不可挡的电子商务发展大潮面前，中小企业除了尽早实施电子商务以外，别无选择。否则，迟早要被电子商务潮流所淘汰。
最后，全球化不足的问题
当今，全球电子商务的发展是不可逆转的态势。电子商务是世界经济全球化和科技发展的必然产物，其发展势头不可阻挡，目前电子商务在技术上已初步具备实施条件，在美国的推动下，国际组织和发达国家政府相继发表电子商务文件，而且从多边贸易自由化发展的趋势来看，不久将会有这方面的国际协议和规则出台。而目前的电子商务国际谈判主要集中在少数发达国家之间，发展中国家若不及时参与到对话中来，不利于形成电子商务的国际框架。
对于中小企业来说，要致力于产品技术含量的提高、附加值的增加，最重要的是要增强企业的全球意识。全球电子商务专家中国诺网认为，企业要真正地实施全球化战略，最紧迫的是提高企业的信息化程度。在融入国际市场后，已经有相当多的中小企业认识到，网站的建设尤其是直接针对客户的英文网站的建设，将成为企业业务增长的一个关键因素；同时也是企业区别于其他同行，建立自身品牌的重要平台。而中小企业从网站的建立到托管再到维护这之间花费的金钱，与在信息化程度提高、客户来源更广、品牌价值提升后获得的利润相比，根本不值一提。正是意识到了网络的重要性，中小企业的英文网站纷纷地建了起来。
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